En su intento por eliminar la herejía de Europa, la Iglesia Católica permitió el uso de la tortura para aterrorizar a los sospechosos y provocar confesiones.
Uno de los juicios más famosos de la Inquisición española fue el seguido contra la clarividente Lucrecia de León. Nacida en Madrid en 1568, tuvo visiones desde su más temprana niñez. Más tarde recibió ayuda financiera y aliento de amigos influyentes. Lucrecia predijo con exactitud la derrota de la Armada Invencible española, así como la muerte de algunos jefes militares. Luego anunció que el rey Felipe II iba a ser asesinado delante de las murallas de Toledo. Como nada ocurrió en la fecha que dijo, la Inquisición la detuvo, y también a los que la apoyaban. Lucrecia fue azotada brutalmente y condenada a servir durante dos años en un hospital para niños menesterosos en Toledo.
Aunque la Inquisición católica española era considerada por algunos demasiado débil con respecto al tratamiento de la brujería -iniciado desde 1478 hasta su fin en 1834 con unos 25 españoles quemados en la hoguera-, alardeaba contra los inconformes, los judíos, los reformistas y las clases ilustradas de la época. Las actas muestran que 114.350 españoles fueron juzgados por una multitud de pecados, delitos y conducta desviada.
Las persecuciones empezaron a principios del siglo XIII, cuando la Iglesia de Roma constituyó un cuerpo inquisitorial para combatir la herejía. En 1255 la Iglesia permitió formalmente que se utilizara la tortura como arma contra los males que más tarde la Inquisición estaría destinada a erradicar.
El rey Fernando y la reina Isabel de España obtuvieron en 1478 el consentimiento del papa Sixto IV para nombrar inquisidores eclesiásticos. Su papel principal era perseguir a los judíos conversos al cristianismo, y luchar contra la herejía imperante en el seno de la Iglesia. Los procedimientos admitidos eran particularmente estrictos y propensos a la corrupción. Por ejemplo, se necesitaba sólo un denunciante para instruir proceso a un acusado. Los conversos solían ser acusados de haberse declarado falsamente cristianos, aunque uno de los cometidos iniciales de la Inquisición española fue exterminar a los judíos que no se convertían al cristianismo.
El primer inquisidor general fue Tomás de Torquemada, quien persuadió al rey y a la reina para instruir en España el Santo Oficio de la Inquisición en 1483. Cumplió su cargo con una despiadada crueldad y fue responsable de aproximadamente 2.000 incineraciones y de la expulsión de miles de judíos. Torquemada fue uno de los personajes más notables de este capítulo funesto de la historia española
